Han pasado dos años y medio desde la tragedia de Lost JuLai, que devastó una ciudad entera y sumió al planeta en el caos. Meryl, ahora periodista veterana, continúa su búsqueda de Vash con su joven compañera, Milly, y se topa con Wolfwood en el camino. Cuando los robos a las plantas vuelven a ocurrir, intuyen que la organización Million Knives conspira entre bastidores.

Mientras tanto, Vash ha adoptado el nombre de Eriks y vive escondido en un pueblo remoto cuando recibe una visita inesperada de Jessica, una joven con una señal de socorro del tercer barco al que consideran su hogar. Entonces decide poner fin a una antigua disputa para proteger a sus seres queridos.

Justo cuando las piezas de la historia comienzan a encajar de nuevo, el planeta recibe un mensaje desde los confines del espacio exterior: «Somos una flota de naves colonizadoras de la Tierra… Quienes lo deseen pueden acompañarnos a una nueva frontera». Toda la población se regocija con la noticia. Sin embargo, como si quisiera burlarse de su celebración, el ángel de una sola ala regresa para sembrar el caos y la desesperación. Los destinos se entrelazan para forjar un desenlace final para el planeta aterrorizado.